灰分是考察小分子肽厂家产品纯度的重要指标，其含量越少小分子肽品质越优，一般控制灰分重点在于小分子肽后段生产的分离纯化。
目前经常采用的分离纯化方式包括盐析法、电泳法、反相高效液相色谱法、离子交换色谱法等。
电泳法是在电场作用下，待分离蛋白或多肽由于自身带电性质、分子大小和形状等差异，使其泳动速率不同而达到分离的目的。
反相高效液相色谱法是利用组分在流动相和固定相间分配系数的不同而分离，组分的亲水性强和固定相的作用较弱，随亲水性的流动相较快流出，组分的疏水性越强越易与疏水性强的固定相相互作用，在柱上的保留时间长较慢流出。
离子交换色谱法主要采用柱层析技术，其层析介质为离子交换树脂，它不溶于水、有机溶剂及酸碱等大分子化合物，其上共价结合许多可电离基团，根据蛋白质的两性解离而分离，当蛋白质混合物通过阳离子（或阴离子）交换介质时，各种蛋白质依据不同的电荷性而与离子交换介质上的阳离子（或阴离子）交换而结合在柱上，用不同离子强度或pH的洗脱液洗脱，由于各种蛋白的电荷性不同而被先后洗脱下来从而达到分离纯化的目的。
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